Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC27.7■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC27.7■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.03
SHANK3Q9BYB0 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC27.7■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SHANK3Q9BYB0 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.1 ms