Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.2 ms