Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP41Q3LFD5 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms