Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHD9Q3L8U1 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
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