Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL4A4P53420 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.5 ms