Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC28.25■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC28.22■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
HOXC9P31274 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms