Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL6A3P12111 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A3P12111 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms