Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.03
LHX3Q9UBR4 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms