Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.92
CCDC87Q9NVE4 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC27■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC27■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC87Q9NVE4 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms