Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PCIF1Q9H4Z3 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms