Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC18.39■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
CCDC54Q8NEL0 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms