Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
NPHP3Q7Z494 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.14■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC29.14■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.12■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC29.11■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP3Q7Z494 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC29.07■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC29.05■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.05■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
NPHP3Q7Z494 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms