Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CHD9Q3L8U1 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.77■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHD9Q3L8U1 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms