Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXA4Q00056 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXA4Q00056 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27 ms