Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC28.3■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC28.28■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HOXC9P31274 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms