Protein–RNA interactions for Protein: P13611

VCAN, Versican core protein, humanhuman

Predictions only

Length 3,396 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCANP13611 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VCANP13611 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VCANP13611 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VCANP13611 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VCANP13611 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VCANP13611 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VCANP13611 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VCANP13611 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
VCANP13611 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VCANP13611 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VCANP13611 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VCANP13611 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VCANP13611 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VCANP13611 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VCANP13611 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VCANP13611 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VCANP13611 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
VCANP13611 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
VCANP13611 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCANP13611 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VCANP13611 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VCANP13611 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VCANP13611 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
VCANP13611 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VCANP13611 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VCANP13611 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
VCANP13611 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VCANP13611 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
VCANP13611 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VCANP13611 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VCANP13611 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VCANP13611 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VCANP13611 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VCANP13611 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VCANP13611 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VCANP13611 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VCANP13611 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VCANP13611 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VCANP13611 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VCANP13611 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VCANP13611 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VCANP13611 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VCANP13611 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VCANP13611 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCANP13611 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCANP13611 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCANP13611 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCANP13611 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
VCANP13611 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCANP13611 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCANP13611 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCANP13611 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCANP13611 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCANP13611 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCANP13611 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCANP13611 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCANP13611 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCANP13611 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCANP13611 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCANP13611 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCANP13611 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
VCANP13611 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCANP13611 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCANP13611 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCANP13611 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCANP13611 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCANP13611 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCANP13611 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCANP13611 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCANP13611 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCANP13611 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms