Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A3P12111 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A3P12111 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms