Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms