Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16 ms