Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SMARCAL1Q9NZC9 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms