Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC36.12■■■■□ 3.37
CUX1P39880 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC36.12■■■■□ 3.37
CUX1P39880 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC36.12■■■■□ 3.37
CUX1P39880 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
CUX1P39880 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
CUX1P39880 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC36.12■■■■□ 3.37
CUX1P39880 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC36.12■■■■□ 3.37
CUX1P39880 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC36.12■■■■□ 3.37
CUX1P39880 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC36.12■■■■□ 3.37
CUX1P39880 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
CUX1P39880 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC36.12■■■■□ 3.37
CUX1P39880 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.11■■■■□ 3.37
CUX1P39880 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
CUX1P39880 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
CUX1P39880 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
CUX1P39880 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
CUX1P39880 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC36.11■■■■□ 3.37
CUX1P39880 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC36.11■■■■□ 3.37
CUX1P39880 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
CUX1P39880 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
CUX1P39880 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
CUX1P39880 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
CUX1P39880 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.1■■■■□ 3.37
CUX1P39880 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC36.1■■■■□ 3.37
CUX1P39880 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
CUX1P39880 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC36.1■■■■□ 3.37
CUX1P39880 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
CUX1P39880 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
CUX1P39880 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
CUX1P39880 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.09■■■■□ 3.37
CUX1P39880 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
CUX1P39880 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC36.09■■■■□ 3.37
CUX1P39880 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC36.09■■■■□ 3.37
CUX1P39880 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC36.09■■■■□ 3.37
CUX1P39880 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
CUX1P39880 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
CUX1P39880 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC36.08■■■■□ 3.37
CUX1P39880 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC36.08■■■■□ 3.37
CUX1P39880 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC36.08■■■■□ 3.37
CUX1P39880 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC36.08■■■■□ 3.37
CUX1P39880 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC36.08■■■■□ 3.37
CUX1P39880 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.08■■■■□ 3.37
CUX1P39880 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
CUX1P39880 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
CUX1P39880 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
CUX1P39880 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC36.08■■■■□ 3.37
CUX1P39880 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
CUX1P39880 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC36.08■■■■□ 3.37
CUX1P39880 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC36.08■■■■□ 3.37
CUX1P39880 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC36.08■■■■□ 3.37
CUX1P39880 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC36.07■■■■□ 3.36
CUX1P39880 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
CUX1P39880 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
CUX1P39880 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
CUX1P39880 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC36.07■■■■□ 3.36
CUX1P39880 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC36.07■■■■□ 3.36
CUX1P39880 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC36.07■■■■□ 3.36
CUX1P39880 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC36.07■■■■□ 3.36
CUX1P39880 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC36.07■■■■□ 3.36
CUX1P39880 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
CUX1P39880 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
CUX1P39880 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
CUX1P39880 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC36.06■■■■□ 3.36
CUX1P39880 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC36.06■■■■□ 3.36
CUX1P39880 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.06■■■■□ 3.36
CUX1P39880 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC36.06■■■■□ 3.36
CUX1P39880 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.05■■■■□ 3.36
CUX1P39880 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC36.05■■■■□ 3.36
CUX1P39880 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC36.05■■■■□ 3.36
CUX1P39880 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC36.05■■■■□ 3.36
CUX1P39880 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
CUX1P39880 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC36.05■■■■□ 3.36
CUX1P39880 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
CUX1P39880 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC36.05■■■■□ 3.36
CUX1P39880 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
CUX1P39880 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
CUX1P39880 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC36.04■■■■□ 3.36
CUX1P39880 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC36.04■■■■□ 3.36
CUX1P39880 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
CUX1P39880 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
CUX1P39880 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
CUX1P39880 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
CUX1P39880 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC36.03■■■■□ 3.36
CUX1P39880 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC36.03■■■■□ 3.36
CUX1P39880 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
CUX1P39880 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC36.03■■■■□ 3.36
CUX1P39880 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
CUX1P39880 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
CUX1P39880 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC36.03■■■■□ 3.36
CUX1P39880 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC36.03■■■■□ 3.36
CUX1P39880 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
CUX1P39880 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.02■■■■□ 3.36
CUX1P39880 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC36.02■■■■□ 3.36
CUX1P39880 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC36.02■■■■□ 3.36
CUX1P39880 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
CUX1P39880 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
CUX1P39880 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.36
CUX1P39880 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.36
CUX1P39880 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.36
CUX1P39880 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC36.01■■■■□ 3.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.3 ms