Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
VPS28Q9UK41 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS28Q9UK41 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms