Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LHX3Q9UBR4 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
LHX3Q9UBR4 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms