Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
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