Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
MSX1P28360 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
MSX1P28360 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
MSX1P28360 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
MSX1P28360 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
MSX1P28360 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
MSX1P28360 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
MSX1P28360 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC19.54■□□□□ 0.72
MSX1P28360 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
MSX1P28360 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
MSX1P28360 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC19.54■□□□□ 0.72
MSX1P28360 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC19.54■□□□□ 0.72
MSX1P28360 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
MSX1P28360 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
MSX1P28360 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
MSX1P28360 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
MSX1P28360 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
MSX1P28360 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
MSX1P28360 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
MSX1P28360 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
MSX1P28360 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
MSX1P28360 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
MSX1P28360 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
MSX1P28360 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
MSX1P28360 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
MSX1P28360 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
MSX1P28360 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC19.53■□□□□ 0.72
MSX1P28360 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
MSX1P28360 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
MSX1P28360 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
MSX1P28360 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
MSX1P28360 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
MSX1P28360 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
MSX1P28360 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
MSX1P28360 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
MSX1P28360 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
MSX1P28360 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC19.52■□□□□ 0.72
MSX1P28360 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
MSX1P28360 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
MSX1P28360 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
MSX1P28360 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
MSX1P28360 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
MSX1P28360 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
MSX1P28360 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
MSX1P28360 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
MSX1P28360 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
MSX1P28360 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
MSX1P28360 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
MSX1P28360 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
MSX1P28360 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
MSX1P28360 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
MSX1P28360 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
MSX1P28360 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
MSX1P28360 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
MSX1P28360 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
MSX1P28360 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
MSX1P28360 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
MSX1P28360 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
MSX1P28360 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
MSX1P28360 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC19.49■□□□□ 0.71
MSX1P28360 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
MSX1P28360 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
MSX1P28360 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
MSX1P28360 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
MSX1P28360 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
MSX1P28360 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
MSX1P28360 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
MSX1P28360 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
MSX1P28360 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
MSX1P28360 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
MSX1P28360 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
MSX1P28360 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
MSX1P28360 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
MSX1P28360 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
MSX1P28360 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
MSX1P28360 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
MSX1P28360 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
MSX1P28360 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
MSX1P28360 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms