Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
HOXD9P28356 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HOXD9P28356 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HOXD9P28356 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HOXD9P28356 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
HOXD9P28356 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
HOXD9P28356 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
HOXD9P28356 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HOXD9P28356 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HOXD9P28356 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC21.89■■□□□ 1.09
HOXD9P28356 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HOXD9P28356 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms