Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLDN3O15551 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLDN3O15551 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.7 ms