Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.11
VPS28Q9UK41 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.2 ms