Protein–RNA interactions for Protein: Q9UJV9

DDX41, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 622 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX41Q9UJV9 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX41Q9UJV9 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX41Q9UJV9 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX41Q9UJV9 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX41Q9UJV9 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
DDX41Q9UJV9 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
DDX41Q9UJV9 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
DDX41Q9UJV9 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
DDX41Q9UJV9 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
DDX41Q9UJV9 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
DDX41Q9UJV9 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
DDX41Q9UJV9 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC24.58■■□□□ 1.53
DDX41Q9UJV9 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
DDX41Q9UJV9 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.53
DDX41Q9UJV9 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
DDX41Q9UJV9 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
DDX41Q9UJV9 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC24.55■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX41Q9UJV9 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
DDX41Q9UJV9 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
DDX41Q9UJV9 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
DDX41Q9UJV9 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
DDX41Q9UJV9 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
DDX41Q9UJV9 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
DDX41Q9UJV9 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
DDX41Q9UJV9 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
DDX41Q9UJV9 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
DDX41Q9UJV9 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
DDX41Q9UJV9 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
DDX41Q9UJV9 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
DDX41Q9UJV9 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
DDX41Q9UJV9 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
DDX41Q9UJV9 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
DDX41Q9UJV9 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
DDX41Q9UJV9 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
DDX41Q9UJV9 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
DDX41Q9UJV9 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms