Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC3Q9BQI4 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC3Q9BQI4 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms