Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC23■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
CHD9Q3L8U1 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
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