Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
COL3A1P02461 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.5 ms