Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.9 ms