Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
LIG3P49916 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIG3P49916 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIG3P49916 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIG3P49916 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIG3P49916 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIG3P49916 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIG3P49916 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIG3P49916 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIG3P49916 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIG3P49916 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIG3P49916 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIG3P49916 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
LIG3P49916 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIG3P49916 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIG3P49916 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIG3P49916 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIG3P49916 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIG3P49916 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIG3P49916 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
LIG3P49916 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIG3P49916 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIG3P49916 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIG3P49916 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIG3P49916 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIG3P49916 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIG3P49916 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIG3P49916 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIG3P49916 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIG3P49916 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIG3P49916 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIG3P49916 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIG3P49916 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
LIG3P49916 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
LIG3P49916 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIG3P49916 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIG3P49916 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIG3P49916 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIG3P49916 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIG3P49916 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIG3P49916 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIG3P49916 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIG3P49916 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
LIG3P49916 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIG3P49916 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
LIG3P49916 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIG3P49916 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIG3P49916 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIG3P49916 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIG3P49916 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIG3P49916 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIG3P49916 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIG3P49916 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIG3P49916 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIG3P49916 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIG3P49916 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIG3P49916 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIG3P49916 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
LIG3P49916 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIG3P49916 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIG3P49916 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIG3P49916 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
LIG3P49916 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIG3P49916 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIG3P49916 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIG3P49916 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIG3P49916 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIG3P49916 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIG3P49916 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIG3P49916 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIG3P49916 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
LIG3P49916 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIG3P49916 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIG3P49916 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG3P49916 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG3P49916 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG3P49916 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG3P49916 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG3P49916 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG3P49916 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG3P49916 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG3P49916 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG3P49916 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG3P49916 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG3P49916 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG3P49916 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG3P49916 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIG3P49916 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms