Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
HOXC9P31274 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC28.7■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC28.69■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC28.65■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
HOXC9P31274 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
HOXC9P31274 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms