Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC26.89■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CHMP3Q9Y3E7 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHMP3Q9Y3E7 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP3Q9Y3E7 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.9 ms