Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIMCH1Q9UPQ0 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMCH1Q9UPQ0 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms