Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS28Q9UK41 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS28Q9UK41 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms