Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMD1Q9UGP4 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms