Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC42Q96M95 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.6 ms