Protein–RNA interactions for Protein: Q96EP1

CHFR, E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, humanhuman

Predictions only

Length 664 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFRQ96EP1 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHFRQ96EP1 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHFRQ96EP1 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.9 ms