Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z6J8

UBE3D, E3 ubiquitin-protein ligase E3D, humanhuman

Predictions only

Length 389 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE3DQ7Z6J8 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.87
UBE3DQ7Z6J8 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
UBE3DQ7Z6J8 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms