Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC15.6■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC15.58■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL7A1Q02388 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.8 ms