Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA4Q00056 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA4Q00056 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA4Q00056 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA4Q00056 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA4Q00056 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HOXA4Q00056 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA4Q00056 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms