Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
USP39Q53GS9 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
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