Protein–RNA interactions for Protein: Q53F19

NCBP3, Nuclear cap-binding protein subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 620 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NCBP3Q53F19 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
NCBP3Q53F19 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
NCBP3Q53F19 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
NCBP3Q53F19 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
NCBP3Q53F19 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
NCBP3Q53F19 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
NCBP3Q53F19 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
NCBP3Q53F19 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
NCBP3Q53F19 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
NCBP3Q53F19 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
NCBP3Q53F19 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
NCBP3Q53F19 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
NCBP3Q53F19 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC28.31■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 YIPF7-202ENST00000415895 1196 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
NCBP3Q53F19 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
NCBP3Q53F19 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms