Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SOX4Q06945 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SOX4Q06945 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms