Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC26.78■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC26.76■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC26.76■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC26.72■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
BRCA1P38398 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms