Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
COL9A1P20849 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL9A1P20849 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms