Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIG1P18858 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIG1P18858 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIG1P18858 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIG1P18858 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIG1P18858 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIG1P18858 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIG1P18858 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG1P18858 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIG1P18858 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIG1P18858 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIG1P18858 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIG1P18858 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIG1P18858 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIG1P18858 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIG1P18858 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIG1P18858 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIG1P18858 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIG1P18858 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIG1P18858 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIG1P18858 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIG1P18858 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIG1P18858 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIG1P18858 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIG1P18858 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIG1P18858 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIG1P18858 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIG1P18858 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIG1P18858 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIG1P18858 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIG1P18858 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIG1P18858 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
LIG1P18858 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIG1P18858 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIG1P18858 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIG1P18858 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIG1P18858 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIG1P18858 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIG1P18858 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
LIG1P18858 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIG1P18858 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIG1P18858 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIG1P18858 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIG1P18858 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIG1P18858 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIG1P18858 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIG1P18858 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
LIG1P18858 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIG1P18858 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIG1P18858 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIG1P18858 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIG1P18858 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.56
LIG1P18858 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIG1P18858 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIG1P18858 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIG1P18858 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIG1P18858 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIG1P18858 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIG1P18858 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIG1P18858 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIG1P18858 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIG1P18858 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG1P18858 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG1P18858 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG1P18858 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG1P18858 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG1P18858 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG1P18858 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG1P18858 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG1P18858 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG1P18858 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG1P18858 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG1P18858 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG1P18858 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG1P18858 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIG1P18858 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIG1P18858 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIG1P18858 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms